1921年，许春草应孙中山先生之召，前往广州。中山先生叫他在厦门设立国民党联络站，发展党员，并准备发展武装，以备北伐。许回厦后，在鼓浪屿山路某号秘密发展国民党员，还派同志多人到福州发展党员及活动地方民军武装起义。
　　经过半年以上的努力，他在厦门登记一千多名党员，在福州也登记党员，近千名。厦门的党员以建筑工友和学生占多数，福州所发展的几乎全是学生，又通过他的关系，争取到福州五虎口长门炮台台长和厦门三个炮台台长加入国民党。福州督军衙门卫队团团长辛桂芳，厦门侦缉队队长陈尚志也都宣誓入党，准备起义。
　　1922年6月，陈炯明受北洋军阀收买，炮击孙中山先生的总统府，孙先生暂时避难于白鹅潭的永丰舰。那时候，孙先生和许春草的联络同志郑螺生先生，正在鼓浪屿商谈问题，接到电报，立即起程驰赴白鹅潭的永丰舰向孙先生请示。郑螺生是福建同安灌口人，旅居马来西亚吉隆坡，早年参加同盟会。那位刺杀清廷将军李准的温生才烈士，就是他的关系，所以甚得孙先生的信任。当时他任非常大总统府事务司长，以节约俭朴为同志们所称道。孙先生派他和许春草联系，以品德言，两人相得益彰。
　　郑螺生要奔赴白鹅潭的永丰舰见孙先生之时，许春草请他转告孙先生：鉴于白鹅潭的永丰舰在陈炯明炮火射程之内，孙先生处境十分危险。许建议，请孙先生到厦门暂避。这个建议，孙先生没有明确认可，但他指示郑螺生立即返回厦门，着许春草尽快夺取厦门。并发下委任状，委任许春草为福建讨贼军总指挥。
　　许春草接到孙先生的命令之后，加紧准备夺取厦门，迎接孙先生。当时许春草手中的力量比驻军弱。除三个炮台和侦缉队起义同志之外，只有五百余支杂式枪支可以配备千余名的建筑工友。不得已飞调内地武装，前来支援。应调前来未到的，预计惠安林诗篇，林建邦三百余人枪，安溪、同安、南安等可来约七百人枪。
　　这个攻占厦门的计划，准备约二星期，勉强可以发动。但发动那天晚上，海上忽然刮起大风，内地人马，直到午夜，还无信息，这样实力就减少一半。许春草只好提前宣告延期发动。第二天，才知道惠安一支武装，到围头苦战狂风巨浪，不能前进。同安、安溪、南安诸路人马，亦因风浪盖天，无法飞渡。攻占厦门的计划，遂即告吹。在这期间，孙先生已安全撤离白鹅潭，去上海。
　　福建讨贼军的活动并未因厦门的挫折而中止。相反地，为从闽西南夹攻陈炯明东江据点，许春草仍一往直前，在福建各地进行组军工作。一共成立九路讨贼军，厦门是以建筑工人为基础，成立第一路军，福州以学生军为基础，成立第二路军。其他闽南、闽西分别成立讨贼军，各得一定番号。总计隶属福建讨贼军总指挥部的武装，人枪达到二万人左右。因驻地分散，一时不能成军，对包抄陈炯明后方，仍无法发挥作用。
　　1922年11月间，北伐军许崇智由湖南回师反击陈炯明没有成功，转道入闽。福建讨贼第二路军，即福州的学生军，起而响应。当许崇智部队到达水口时，学生军在福州城内发动起义，迅速占领北洋军阀李厚基的军事制高点于山乌石山屏山（即所谓福州的三山），并进攻督军衙门，搜捕督军李厚基未获，——李提前逃入台湾银行福州分行，托庇日人。
　　学生军派队出洪山桥迎接许崇智。当时北伐军可以兵不刃血克复福州，对学生军赞扬备至。但以后未经许春草同意，却命学生军解散。许春草以福建讨贼军总指挥名义提出抗议，许崇智派参谋长罗翼群，旅长张明达来厦门解释，因双方意见出入太大，许春草立即上报孙中山，请求结束福建讨贼军，辞去总指挥职务。
　　许春草辞职后，讨贼军在闽南数县尚有上千武装，没有全部解散。鉴于讨袁之役，遗下来一些武装，失去革命的正确领导，流为散匪，如陈国辉、叶定国、扬汉烈之流，为害地方，污辱革命声誉。许春草为处理这些部队的善后，费尽苦心。最后他说服一些华侨同志，筹足几万元现金，分别遣散回乡生产，杜绝后患。